داستان این انیمه که بر اساس انیمه سریالی "گینتاما" ساخته شده و به عنوان پایان داستان سریال به حساب می آید، از این قرار است که "گینتوکی"، "تاکاسوگی" و "کاتسورا" با نیروهایی که مقر ترمینال را تصرف کرده اند، می جنگند. مادر در بالای مقر، مقادیر زیادی آلتانا را جذب می کند و آن را به کودک شویو می دهد تا او را زنده و جاودانه کند. اما در همین حال حملات شدیدی صورت می گیرد و ....